Ustawa zakłada fundamentalne zmiany w zakresie wysokości składki zdrowotnej dla osób prowadzących działalność gospodarczą, ponieważ będzie ona uzależniona od dochodu oraz wybranego sposobu opodatkowania.
Dotychczas składka zdrowotna była jednakowa dla wszystkich osób prowadzących działalność gospodarczą. W roku 2021 wynosiła 381,81 zł i nie była zależna od dochodu. Dodatkowo, 86% opłacanej składki (328,78 zł) podlegało do tej pory odliczeniu od podatku dochodowego.
Od 2022 roku składka zdrowotna nie będzie podlegać odliczeniu od podatku dochodowego.
Podatnik, który po zakończeniu roku będzie miał nadpłatę składki zdrowotnej, będzie miał zaledwie miesiąc na to, by wystąpić o jej zwrot. Wniosku złożonego później ZUS nie rozpatrzy. Na jego przesłanie będzie tylko miesiąc od upływu terminu na złożenie rocznego zeznania PIT, czyli licząc od 30 kwietnia. Problem pojawi się również, gdy przedsiębiorca po trzech czy czterech latach skoryguje zeznanie. Ordynacja podatkowa przewiduje na korektę rozliczeń pięć lat, ale z treści ustawy wynika, że jeśli nadpłata składek zdrowotnych zostanie raz oddana, to rozliczenie uznane jest za „ostateczne”. Niepokojąco wygląda także termin przewidziany na oddanie nadpłaconych pieniędzy przez ZUS. Ma być on liczony nie od momentu złożenia wniosku, ale nie później niż w terminie trzech miesięcy, licząc od 30 kwietnia następnego roku. ZUS będzie miał czas na zwrot nadpłat do końca lipca, nawet gdy podatnik złoży wniosek w połowie lutego.